Qaraqoyunlular müxtəlif Türkmən tayfalarının Qaraqoyunlu tayfası ətrafında birləşməsi nəticəsində ortaya çıxmışdır. Sadlu, Baharlı, Duharlı, Qaramanlı, Çekirlu, Aylı, Hacılı, Ağaçeri, Bayramlı kimi Türkmən boyları siyasi və hərbi heyətdə yer almışlar. Qaraqoyunlular haqqında monqol istilasından öncə bir məlumat yoxdur. Monqol istilası ilə birlikdə əvvəllərində Törə Bəyin olduğu karvanlar halında Şərqi Anadoluya yerləşmişlər. Monqolların öz daxili çəkişmələrinin artması nəticəsində uzun Həsən, Muş ətrafı və Mosulda hakimiyyət qurmuş Cəlayirilər yarı bağlı bir şəkildə Türkmən hakimiyyəti qurmuşdur.
Qaraqoyunlu dövləti - Şirvan istisna olmaqla bütün Azərbaycan, indiki Ermənistan ərazisi, Gürcüstanın bir hissəsi, Qərbi İran və İraqı əhatə edən dövlət. Qaraqoyunlular Oğuz türk-əsilli tayfa ittifaqıdır. Bayraqlarında təsvir olunan qoyunun rənginə görə Qaraqoyunlu (1410-1468) adlanırdı.
24 may 1388 - Qara Məhəmmədin başçılıq etdiyi Qaraqoyunlu tayfasının qoşunları Teymurun müttəfiqi olan Cəlairi əmirlərinin müqavimətini qıraraq Təbrizə daxil olublar. Bu, Qaraqoyunlu qüvvələrinin Teymurun hökmranlığına qarşı ilk uğurlu döyüşü idi. 1408-ci ildə Teymurilər Azərbaycandan qovuldu, 1410-cu ildə isə Qaraqoyunlu dövlətinin yarandığı elan edildi.
Tanınmış Qaraqoyunlu hökmdarları Qara Məhəmməd (1380-1389), Qara Yusif (1390 – 1420), Qara Isgəndər (1420 – 1435), Cahan Şah (1435 – 1467) olmuşdur. Qaraqoyunlu sülaləsinin banisi Baharlı tayfasından olan Bayram Xoca olmuşdur. Qaraqoyunlu tayfa ittifaqı hakimiyyətinin əsası 1380 - 1389-cu illərdə Qara Məhəmməd tərəfindən qoyulmuşdur. 1387-ci ilin yazında, Çapaqcur döyüşündə Qara Məhəmməd Əmir Teymurun hərbi qüvvələrini məğlub etdi. Lakin onun ölümündən sonra Əmir Teymurun orduları Qaraqoyunlu birliyinin mərkəzi olan Van şəhərini tutdular.
